Mitt förslag kanske är lite simpelt, men
Öppna textdokumentet i Wordpad eller liknande. Skriv in sökbegreppet "vattendrag" i "Find" som ligger under Edit. Gå sedan över till Find NExt som nås med Funktionstangent F3. För varje gång du klickar på F3 hoppar sökningen fram till nästa "Vattendrag" och markerar det. Stega ett steg höger med piltangent och lägg in en siffra i stigande ordning. Klicka sedan på F3 igen för nästa osv. Även om det är fyrtio stycken tror jag det går rätt fort, några per minut. Du måste ändå använda en liknande manöver för att skriva in de rätta namnen i nästa omgång och den kommer att vara mycket mer tidskrövande.
Wordpad innehåller också funktionen Replace. Där kan du skriva in inkompletta uttryck som "vattendrag" utan att ta med följdsiffran. Det finns ett fönster för att skriva in det nya ordet och sedan är det bara trycka replace och gå vidare till nästa vattendrag*.
Det är klart att det går att programmera funktionen att lägga in inkrementellt ökande siffersuffix men frågande är om det är värt besväret. Också lite knepigt eftersom det är en efterbeställning på ett i övrigt slutfört uppdrag som redan är betalt.
Får man verkligen publicera kartor som Friluftskartan med felaktigt angivna sjöar etc? Det kan ju ställa till stora problem för räddningstjänsten, bussar för skridskoklubbar osv. Särskilt anmärkningsvärt när materialet kommer från Lantmäteriet.