Du behöver bara bry dig om koordinaterna om du ska använda din GPS tillsammans med t.ex. en papperskarta, eller något annat där koordinaterna finns angivet eller spelar roll (t.ex. geocaching). Och då gäller att du ska ställa in din GPS på samma koordinatsystem som papperskartan eller detta andra använder -- för du vill ju använda GPS_koordinaterna för att leta reda på t.ex. var på papperskartan du befinner dig.
För svenska kartor som är minst några år gamla är det RT90 (i regel tillsammans med "Rikets Nät" eller "Swedish Grid") som gäller. Nya svenska kartor använder däremot SWEREF 99 och SWEREF 99 TM, och detta system finns bara med på nyare GPS'er. Om din GPS inte har SWEREF 99 kan du klara dig genom att använda WGS84, och sedan manuellt knappa in parametrarna för "grid-konverteringen".
För sjökort gäller i regel WGS84.
För utländska topografiska kartor gäller andra koordinatsystem - kolla vad som gäller i resp. land.
Du kan testa ditt koordinatsystem på GPS'en genom att bege dig till ett landmärke av något slag som är tydligt markerat på din karta, kolla vilka koordinater din GPS säger du befinner dig på, och rita denna punkt på kartan. Hamnade du rätt?
Inget system är "bäst" - det är så många olika system av historiska skäl: varje större land definierade sitt eget koordinatsystem för att mäta upp sina landmärken.
Om du behöver bry dig eller inte beror på hur du har tänkt använda din GPS.