Trots sin ringa areal och begränsade skogliga kontinuitet hyser Flötö och tillhörande vattenområde förhållandevis höga naturvärden. Hela halvön är utpekad som nyckelbiotop och mängden död och döende ved är stor. Rikedomen av kärlväxter är stor i både träd-, busk- och fältskikt och området hyser åtminstone 22 signalarter, varav två är rödlistade. Därutöver förekommer ett flertal naturvårdsintressanta arter. Exempel på noterade arter i området är desmeknopp (NT), tvåblad, St Pers nycklar, lundelm, kragjordsstjärna, alsopp, krushättemossa, fjällig filtlav och jättesvampmal (NT). De limniska delarna av reservatet ingår i Natura 2000-området Ivösjön-Oppmannasjön (SE 0420319) och inom området har bland annat Natura 2000-arten nissöga noterats. Naturtypen är Oligo-mesotrofa sjöar med strandpryl, braxengräs eller annuell vegetation på exponerade stränder (3130). Ivösjön är också Skånes artrikaste sjö med avseende på fisk.

Förutom höga naturvärden förekommer i de terrestra delarna fossil åkermark, stengärdesgårdar och andra typer av agrara kulturspår som berättar om områdets historiska bakgrund. Genom att avsätta Flötö som naturreservat blir det även möjligt att följa den naturliga återbeskogningen av ett landvinningsområde efter en sjösänkning.

Länsstyrelsen i Skåne län

IV, Habitat/Artskyddsområde (Habitat/Species Management Area)

3,37

114,27

3,42

117,71