Naturreservatet Rubban har en mångfald av naturtyper. I väst utgörs reservatet av en långsträckt bergbrant med naturskogskvaliteter, beklädd med såväl barrblandskog som ädellövskog och uppe på höjdryggen hällmarkstallskog. Delar av branten är utpekad som Natura 2000-område med naturtyperna taiga och nordlig ädellövskog. Övriga delar av bergbranten är av Skogsstyrelsen i stort utpekat som nyckelbiotop eller område med naturvärde. Nedan bergbranten utgörs området av örtrik kalkgranskog med visst lövträdsinslag av framför allt asp, björk och hassel. Övriga delar av reservatet utgörs främst av triviallövskog med visst inslag av gran. I anslutning till den kulturhistoriskt intressanta gårdsmiljön Rubban är skogsbeståndet glesare och ett flertal gamla, grova träd går att finna. Detta område utgörs till viss del av nyckelbiotop. I öster avgränsas reservatet av vattendraget Häradsbäcken, som är klassat som regionalt värdefullt. Omgivningen kring bäcken är utpekad som nyckelbiotop av Skogsstyrelsen. Häradsbäcken mynnar i sjön Sommen. I området är 30 rödlistade arter och ytterligare ett 30-tal signalarter noterade, vilket är ett anmärkningsvärt högt antal för ett område av denna storlek i länet. Detta beror till stor del på områdets mångfald av olika naturtyper och rika tillgång på död ved, samt tidigare markanvändning. Artsammansättningen visar att området hyser mycket höga naturvärden knutna till ljusöppna, örtrika skogsmiljöer, gammal ädellövskog, kalkgranskog, gles hällmarkstallskog och barrnaturskog med ett stort inslag av asp. Grön sköldmossa, en art som är upptagen i EU:s art- och habitatdirektiv har noterats i området. Det finns även äldre uppgifter om förekomst av skalbaggen raggbock, en art som ingår i Åtgärdsprogram för hotade arter (ÅGP).

Sammantaget finns 23 rödlistade arter och ytterligare ett 30-tal signalarter noterade i området. Artsammansättningen visar att området hyser mycket höga värden knutna till gammal ädellövskog, kalkgranskog, hällmarkstallskog och barrnaturskog med inslag av asp. Flertalet arter är dessutom beroende av död ved och stabila luftfuktighetsförhållanden.
I reservatet finns grön sköldmossa som är upptagen i EU:s art- och habitatdirektiv. Bland insekterna har bland annat skalbaggen raggbock noterats i området, en art som ingår i Åtgärdsprogram för hotade arter (ÅGP).

Vattendraget Häradsbäcken med omgivning är utpekat som nyckelbiotop av Skogsstyrelsen och är även klassat som regionalt värdefullt. I vattendraget finns en intressant fisk- och bottenfauna.

Länsstyrelsen i Jönköpings län

IV, Habitat/Artskyddsområde (Habitat/Species Management Area)

68,81

7,79

72,34

80,10