Fläcksjön är en av länets artrikaste fågelsjöar och ingår i ett av Mellansveriges värdefullaste våtmarkskomplex längs med Svartån i Svartådalen. Årliga översvämningar av låglänta marker längs med Svartån har tillsammans med betydande arealer fuktängar som hävdats under lång tid skapat variationsrika miljöer med ett rikt växt- och djurliv. Stora delar av sjöns strandängar hävdas genom slåtter eller bete. Stora mängder gäss, änder och vadare utnyttjar de födorika fuktängarna under sin flyttning. Bland änderna kan gräsand, kricka, bläsand, vigg och knipa upplevas i större antal. Den variationsrika miljön erbjuder även goda häckningsmöjligheter för många våtmarksberoende fåglar. Inom reservatsområdet häckar bland annat brun kärrhök, småfläckig sumphöna, kornknarr, storspov, rödbena, svarttärna och sydlig gulärla. Kolonierna av svarttärna utgör en av de största i Mellansverige. Både i sjön och i omkringliggande marker finns även ett rikt insektsliv.

Områdets lövskogsmiljöer domineras av medelålders-äldre triviallövskogar samt lövsumpskogar och utgör viktiga livsmiljöer för många artgrupper såsom insekter, svampar, lavar och fåglar. Trädskiktet består av björk, asp och rönn med inslag av barrträd, framför allt i den norra delen som övergår i skvattramtallskog. Stora delar har historiskt varit påverkad från mänsklig aktivitet, huvudsakligen genom slåtter- eller betesmarker med ett mer begränsat trädskikt än i dag. En längre tid utan påverkan har dock lett till att skogarna börjat utveckla strukturer och naturvärdeselement som man finner i opåverkade lövskogsmiljöer med höga naturvärden såsom gamla träd, död ved i olika nedbrytningsstadier och en skiktad beståndsstruktur.

Vattenvegetationen i Fläcksjön hyser flera mycket sällsynta arter. I sjön förekommer bland annat; bandnate, spetsnate, pilblad, vattenaloe och uddslinke.

Inom reservatsområdet förekommer inga kända forn- eller kulturlämningar. En lång period av mänsklig närvaro i området har dock inneburit att det finns en mängd fornlämningar i anslutning till reservatet, bland annat stensättningar, boplatser och fossil åkermark. De öppna och småbrutna markerna kring Fläcksjön har även stor betydelse för landskapsbilden i området och visar på gamla tiders brukande av landskapet.

Fläcksjön är ett populärt besöksmål med goda förutsättningar för berikande upplevelser i vacker kulturbygd. Fågelskådning bedrivs lättast från områdets omkringliggande vägar eller från utkiksplattformen på sjöns östra sida vid Fläckebo hembygdsmuseum, Gammelgården. Även andra friluftsaktiviteter såsom vandring, paddling, fiske och ridning är populära aktiviteter som bedrivs i området. Reservatsområdet är idagsläget relativt svårtillgängligt men anordningar för att underlätta för friluftslivet är planerade framöver.

Länsstyrelsen i Västmanlands län

IV, Habitat/Artskyddsområde (Habitat/Species Management Area)

39,99

122,11

125,86

247,94