Områdets bevarandevärden är främst knutna till de naturskogsliknande barr- och blandskogarna med deras rikliga förekomst av död ved, de fuktiga och näringsrika svämlövskogarna, de öppna sandmiljöerna samt estuariet vid älvmynningen där sött och bräckt vatten blandas i ett mosaikartat biotopkomplex. Trots sin begränsade yta hyser reservatet därmed en rik variation av olika miljöer. Dessa i sin tur erbjuder goda livsvillkor för en mängd arter, däribland flera sällsynta och kalkgynnade marksvampar samt högörter, insekter och fiskar.

Häcksören har även mycket höga värden för friluftslivet. Reservatet genomkorsas av flera olika stigar och nyttjas flitigt året om som strövområde. Närheten till havet och älven skapar också goda förutsättningar för fiske och fågelskådning. Sommartid är Häcksören ett mycket populärt besöksmål för havsbad, grillning och vandring.
Området ligger i direkt anslutning till samhället Skutskär.

Länsstyrelsen i Uppsala län

Ia, Strikt naturreservat (Strict Nature Reserve)

36,58

31,59

44,53

76,02